De l'importance de la sensibilité pour les tests par RT-PCR du SRAS-CoV-2

16 octobre 2020 ─  /  Sciences analytiques  par Sarra Ben Yedder

 

Une détection précise du SRAS-CoV-2 est essentielle pour le traitement des patients ainsi que pour le contrôle de la pandémie de COVID-19. La limite de détection (LD) est un des facteurs les plus importants à prendre en considération lors du choix d’un test de réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse en temps réel (RT-PCR) à utiliser pour la détection du SARS-CoV-2.

 

Les charges virales varient de 0 à un milliard de copies par millilitre entre les échantillons de patients, avec un pic détecté par patient 5 à 6 jours après l’infection. Les patients présentant une charge virale plus élevée sont les plus contagieux et donc les plus susceptibles de propager la maladie. Les experts estiment que seulement 1 000 copies de SRAS-CoV-2 sont nécessaires pour engendrer une infection.

 

La LD d’un test RT-PCR en temps réel est la quantité minimale de marqueur cible qui peut être détectée avec une probabilité indiquée. Dans le diagnostic moléculaire, nous rapportons généralement les résultats et tirons des conclusions avec une confiance de 95%. La LD représente la valeur seuil au-dessus de laquelle l’échantillon peut être considéré comme positif.

 

 

Pourquoi la LD d’un test SRAS-CoV-2 en temps réel RT-PCR est importante?

 

La charge virale est la mesure du nombre de particules virales présentes chez un individu. Des études ont démontré que les charges virales dans les prélèvements de gorge et de crachats atteignent leur maximum 5 à 6 jours après l’apparition des premiers symptômes. Les échantillons prélevés sur un individu ayant récemment contracté le SRAS-CoV-2 peuvent donc avoir une faible charge virale. Si dans un échantillon celle-ci est inférieure à la LD ou à la valeur seuil d’un test RT-PCR en temps réel, un résultat faux négatif pourra être obtenu. Les tests avec une faible LD et des valeurs seuils plus faibles sont plus susceptibles de détecter le SARS-CoV-2 dans des échantillons à faible charge virale (qui peuvent être manqués par des tests avec des LD plus élevées). Une recherche récente, « SARS-CoV2 Testing: The Limit of Detection Matters », indique que chaque multiplication par 10 de la LD d’un test de diagnostic viral COVID-19 augmente le taux de faux négatifs de 13% (Arnaout, R., 2020 ).

 

 

Comparaison des LD entre les tests RT-PCR en temps réel

 

Malheureusement, comparer les LD de divers tests RT-PCR en temps réel autorisés en vertu de la FDA EUA n’est pas aussi facile qu’il n’y paraît, car les entreprises rapportent leur LD de test en utilisant différentes mesures. Un grand nombre des tests RT-PCR en temps réel existants autorisés pour la détection du SARS-CoV-2 définissent leur LD en copies/ml dans l’échantillon. Cependant, certaines entreprises rapportent la LD en équivalents génomiques/mL. Un équivalent génomique est la quantité d’ADN minimale dans un échantillon purifié pour garantir que tous les gènes sont présents. Ce nombre augmente avec la taille totale du génome d’un organisme et peut être calculé en convertissant la taille d’un génome en paires de bases par microgrammes d’ADN.

 

 

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Innovation : Waters présente le nouveau Chromatographe Liquide Arc Haute performance

13 juillet 2020

Sciences analytiques

Innovation : Waters présente le nouveau Chromatographe Liquide Arc Haute performance

 HTDS présente le nouveau Chromatographe Liquide Arc Haute performance de Waters pour aider les laboratoires à atteindre leurs objectifs de qualité et de production. Les systèmes de chromatographie liquide modernes reproduisent les méthodes test déjà éprouvées tout en offrant une meilleure performance. Nous présentons aujourd'hui dans ce cadre le système HPLC Waters ™ Arc ™ de Waters Corporation, un nouveau chromatographe liquide haute performance (HPLC) dédié aux tests de routine des marchés pharmaceutique, agroalimentaire, académique... Les domaines d’applications cibles sont les laboratoires de contrôle qualité et en particulier les laboratoires pharmaceutiques effectuant des tests de libération de lots sur des produits à petites molécules. En parallèle de ce lancement, Waters annonce la disponibilité de Waters ™ Empower ™ BC LAC / E ™ avec SecureSync, sa nouvelle solution de sauvegarde et de récupération de données spécialement conçue pour les organisations disposant d'un environnement de laboratoire interconnecté. Le système HPLC Arc est destiné aux laboratoires à la recherche d'un système HPLC robuste, fiable et moderne qui peut exécuter des méthodes HPLC établies quelle que soit la marque du chromatographe en phase liquide sur laquelle ils ont été initialement développés, tout en préservant la reproductibilité du temps de rétention chromatographique de ces méthodes. Le système offre un transfert d'analyse ultra-fiable, une superbe précision d'injection et une tolérance à la contre-pression à 9500 psi à 5,0 ml / min. Il est conçu pour répondre à toutes les exigences d'un système HPLC haut de gamme dans un package à prix compétitif qui fait passer les tests de routine à un niveau supérieur. «Nous avons conçu le système HPLC Waters Arc exclusivement pour les laboratoires de contrôle qualité sachant à quel point la fiabilité des résultats des tests est importante pour garantir l’approvisionnement ininterrompu de médicaments sûrs et efficaces», a déclaré Robert Buco, PhD, directeur, technologie de séparations, gestion globale des produits, Waters Corporation. «Arc HPLC est destiné aux clients qui sont prêts à moderniser les instruments déjà en place tout en préservant leurs méthodes QC spécifiques. Waters simplifie les choses en fournissant une capacité de transfert de méthode à deux injections unique à partir de n'importe quelle autre marque d'instruments HPLC vers le système Arc HPLC. » La majeure partie des méthodes de tests de contrôle qualité pharmaceutique sont fondées sur la chromatographie liquide. S’il y a une chose que le système Arc HPLC Water exécute parfaitement, c’est bien la mesure de concentration de tous types de principe actif et de toutes sortes d’impuretés connues dans un produit fini. Il enregistre les résultats de ces tests conformément aux standards d’exigence de qualité. «En tant que client Waters depuis de nombreuses années, nous avons normalisé l'instrumentation Waters et le logiciel Empower pour les tests», a déclaré Bo Chen, responsable des instruments, Luoxin Pharmaceutical (Shanghai) Co., Ltd. «Leur instrumentation s'est avérée fiable et robuste et nous savons par expérience qu'ils croient en leurs produits. Le nouveau système HPLC Arc semble être parfaitement adapté aux tests de produits finis et nous sommes impatients d’en apprendre d’avantage " L'Arc HPLC fonctionne sur le logiciel de données de chromatographie Empower 3, leader sur le marché et compatible avec Waters, auquel font confiance des milliers de clients pour qui l'intégrité des données est d'une importance capitale.  Se préparer en cas de complications dans les laboratoires d'aujourd'hui avec l' Empower BC LAC / E avec SecureSync de Waters Les menaces qui pèsent sur la continuité des opérations, naturelles et d’origine humaine, sont imprévisibles et ne font qu’augmenter au niveau de leur fréquence et de leur sévérité. Il est primordial pour les entreprises de planifier au préalable afin de prévenir les éventuelles perturbations des chaînes de distributions mondiales et d’investir dans des infrastructures technologiques pour assurer la continuité des opérations. Waters Empower BC LAC / E avec SecureSync ™ est une solution complète qui joue un rôle important dans la stratégie de maintien de la continuité des opérations d’une entreprise. Ce système à double usage permet à l'instrumentation à distance d'être connectée et contrôlée par Empower Enterprise en plus d'activer un contrôle local sécurisé si la connectivité est coupée du réseau. Le logiciel SecureSync rationalise la préparation des laboratoires en copiant en continu les informations pertinentes de l’Epower Enterprise du client vers le système BC LAC / E local de manière sécurisée et conforme. Waters Empower BC LAC / E avec SecureSync, en conjonction avec un plan de poursuite des activités, offre une approche structurée pour répondre aux incidents imprévus et aide à minimiser l'impact de la déconnexion. Le logiciel SecureSync prépare et synchronise de manière proactive les informations au niveau du système des bases de données réseau d'entreprise distantes aux systèmes locaux de base afin que les organisations puissent reprendre leurs opérations le plus rapidement possible. Le système permet de passer à l'acquisition et au traitement des données locales, permettant aux sites protégés de fonctionner indépendamment du réseau principal de l'entreprise pendant plus de quatre semaines en cas de sinistre ou de panne prolongée. Source : Businesswire