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16 octobre 2020 — Sciences analytiques

De l'importance de la sensibilité pour les tests par RT-PCR du SRAS-CoV-2

 Une détection précise du SRAS-CoV-2 est essentielle pour le traitement des patients ainsi que pour le contrôle de la pandémie de COVID-19. La limite de détection (LD) est un des facteurs les plus importants à prendre en considération lors du choix d'un test de réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse en temps réel (RT-PCR) à utiliser pour la détection du SARS-CoV-2. Les charges virales varient de 0 à un milliard de copies par millilitre entre les échantillons de patients, avec un pic détecté par patient 5 à 6 jours après l'infection. Les patients présentant une charge virale plus élevée sont les plus contagieux et donc les plus susceptibles de propager la maladie. Les experts estiment que seulement 1 000 copies de SRAS-CoV-2 sont nécessaires pour engendrer une infection. La LD d'un test RT-PCR en temps réel est la quantité minimale de marqueur cible qui peut être détectée avec une probabilité indiquée. Dans le diagnostic moléculaire, nous rapportons généralement les résultats et tirons des conclusions avec une confiance de 95%. La LD représente la valeur seuil au-dessus de laquelle l'échantillon peut être considéré comme positif.  Pourquoi la LD d'un test SRAS-CoV-2 en temps réel RT-PCR est importante? La charge virale est la mesure du nombre de particules virales présentes chez un individu. Des études ont démontré que les charges virales dans les prélèvements de gorge et de crachats atteignent leur maximum 5 à 6 jours après l'apparition des premiers symptômes. Les échantillons prélevés sur un individu ayant récemment contracté le SRAS-CoV-2 peuvent donc avoir une faible charge virale. Si dans un échantillon celle-ci est inférieure à la LD ou à la valeur seuil d'un test RT-PCR en temps réel, un résultat faux négatif pourra être obtenu. Les tests avec une faible LD et des valeurs seuils plus faibles sont plus susceptibles de détecter le SARS-CoV-2 dans des échantillons à faible charge virale (qui peuvent être manqués par des tests avec des LD plus élevées). Une recherche récente, « SARS-CoV2 Testing: The Limit of Detection Matters », indique que chaque multiplication par 10 de la LD d'un test de diagnostic viral COVID-19 augmente le taux de faux négatifs de 13% (Arnaout, R., 2020 ).  Comparaison des LD entre les tests RT-PCR en temps réel Malheureusement, comparer les LD de divers tests RT-PCR en temps réel autorisés en vertu de la FDA EUA n'est pas aussi facile qu'il n'y paraît, car les entreprises rapportent leur LD de test en utilisant différentes mesures. Un grand nombre des tests RT-PCR en temps réel existants autorisés pour la détection du SARS-CoV-2 définissent leur LD en copies/ml dans l'échantillon. Cependant, certaines entreprises rapportent la LD en équivalents génomiques/mL. Un équivalent génomique est la quantité d'ADN minimale dans un échantillon purifié pour garantir que tous les gènes sont présents. Ce nombre augmente avec la taille totale du génome d'un organisme et peut être calculé en convertissant la taille d'un génome en paires de bases par microgrammes d'ADN.  

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